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取得予定のワイルドカード証明書は、*.domain.jp　の場合、以下のような domain.jpの前に複数のワードや.（ドット）が入っても 問題なく使えるのでしょうか。

https://test.test.test.domain.jp
https://123.file.domain.jp
https://sub1.domain.jp

このケースの場合、” https://sub1.domain.jp”が対象となります。
対象のサブドメインは、＊（アスタリスク）で定義されたレベルのみで、その上のレベルのサブドメインは対象外となります。